כבר בגיל 16 התגייס להגנה, וזכה להציל מעפילים ופליטים מהשואה שהגיעו באוניות רעועות. גם כשחזר לישיבה בכפר הרא"ה, המשיך בפעולותו בהגנה, הדריך ושמר על גשרים. ר' גדליה יצא לקורס מפקדים של ההגנה, שם גם נלחם שיספקו אוכל כשר, והוסמך למפקד מחלקה. עם פרוץ מלחמת השחרור, ובהכוונתו של הרב נריה, התגייס לחטיבה 7 והפך לרגם. השתתף במערכות רבות, עליהן גם קיבל צל"ש, והיה מראשוני הרבנות הצבאית.